Im Bereich Tierseuchen werden auf dem Gebiet der Haltung von Tieren die Aufgabengebiete Tierseuchenbekämpfung, Tierseuchenprophylaxe und die Beseitigung tierischer Nebenprodukte und Tierkörper wahrgenommen. Hierzu gehört neben der Überwachung und Attestierung von lebenden Tieren und tierischen Erzeugnissen auch der Reiseverkehr mit Haustieren in Länder mit besonderen tierseuchenrechtlichen Anforderungen.
Die Tierseuchenbekämpfung, vor allem die Bekämpfung der vom Tier auf den Menschen übertragbaren Krankheiten, ist nach wie vor eine der wichtigsten Aufgaben des FD 39. Früher gefürchtete Tierseuchen wie Tuberkulose, Brucellose, Leukose, Maul- und Klauenseuche und Tollwut haben inzwischen durch intensive Anstrengungen der Veterinärverwaltungen ihre Schrecken verloren. Allerdings gibt es weiterhin eine Vielzahl an Krankheiten wie Salmonellose, Aujeszkysche Krankheit, Klassische Schweinepest und Geflügelpest, die die Mitarbeiter vor schwierige Aufgaben stellt. Dazu kommen Krankheitserreger, die hier bisher in Deutschland oder Europa noch nicht aufgetreten waren (Blauzungenkrankheit, Schmallenbergvirus). Weitere Tierseuchen wie die Afrikanische Schweinepest dringen immer weiter auch in Richtung Deutschland vor. Ein wichtiges Instrumentarium zur Tierseuchenbekämpfung ist die gute und rechtzeitige Diagnostik, deren lückenlose und effiziente Planung sowie Überwachung in den Händen der Kolleginnen und Kollegen des Fachgebietes Tierseuchenüberwachung liegt. Deshalb werden regelmäßige Blut- und Milchuntersuchungen in allen Rinder- und Schweinebeständen durchgeführt. Verdächtige verendete Tiere werden im Landeslabor in Rostock seziert und eingehend labordiagnostisch untersucht, um frühzeitig eine Seuchengefahr zu erkennen und Tierhaltungen vor wirtschaftlichen Schäden zu schützen.
Ein elementares Glied in der Kette seuchenverhindernder Maßnahmen stellt die gut funktionierende Tierkörperbeseitigung dar. Sie dient der Entsorgung von toten Tieren, Schlachtabfällen, verdorbenen Lebensmitteln tierischer Herkunft und anderen Stoffen, die seuchenhygienisch bedenklich sein können. Dies geschieht in dafür eigens eingerichteten und modern ausgestatteten Tierkörperbeseitigungsanlagen. Die seuchenhygienische Überwachung dieser als auch die von bioenergetischen Anlagen stellt ebenfalls einen wesentlichen Teil der amtlichen Arbeit dieses Bereiches Tierseuchenüberwachung dar. Von der Wirtschaft abhängig ist besonders die Überwachung des Transportes. Neben dem nationalen ist dabei besonders der internationale Tierverkehr durch Schwankungen der Weltmarktpreise und Versorgungsgrade im (ost-)europäischen Ausland bestimmt. Internationale Transporte müssen bei landwirtschaftlichen Nutztieren ausnahmslos kontrolliert werden. Langfristige Planungen sind auf diesem Gebiet nicht möglich und binden sehr viel personelle Kapazitäten insbesondere der Amtstierärzte. Ähnlich wie in der Lebensmittelüberwachung werden die Haltungen landwirtschaftlicher Nutztiere und Veranstaltungen mit Tieren auch routinemäßig kontrolliert. Schwerpunkte dabei bilden die seuchenhygienische Absicherung der Tierhaltungen und verschiedene Programme zur Bekämpfung von Tierseuchen, z. B. der Herpesvirusinfektion der Rinder. Bei festgestellten Verstößen werden Anordnungen zur Mängelbeseitigung getroffen und ggf. Ordnungswidrigkeitsverfahren zur Ahndung von Verstößen eingeleitet. Im Fall des Ausbruchs von Tierseuchen müssen weitreichende Bekämpfungsmaßnahmen angeordnet und koordiniert werden, die je nach Tierseuche auch Auswirkungen auf umliegende Tierhaltungen und Hersteller tierischer Lebensmittel haben. In bestimmten Fällen wie hochgefährlicher Tierseuchen wie Schweinepest oder Maul- und Klauenseuche sind alle Einwohner von Sperrmaßnahmen in den Restriktionsgebieten betroffen, auch wenn sie selbst keine Tiere halten.
Neben den Mitarbeitern im Kernbereich des Fachdienstes gibt es auch Mitarbeiter, die über Honorarverträge Aufgaben für den Landkreis wahrnehmen, zum Beispiel amtliche Tierärzte und amtliche Fachassistenten in der Schlachttier- und Fleischuntersuchung. Abschließend ist zu bemerken, dass der Fachdienst 39 nur zu einem geringen Anteil klassische Aufgaben der Verwaltung wahrnimmt und viel Zeit auf den Straßen und in den Betrieben des Landkreises verbringt.